Die Gegend um Safenwil war bereits während der Römerzeit besiedelt. Am Saumpfad zwischen dem Wiggertal und dem Legionslager in Vindonissa befand sich ein Gutshof. Die Alamannen siedelten sich im 7. oder 8. Jahrhundert an. Im Jahr 893 erfolgte die erste urkundliche Erwähnung von Sabenewilare in einem Zinsrodel des Fraumünsters in Zürich. Der Ortsname stammt vom althochdeutschen Sabininwilari ab und bedeutet «Hofsiedlung des Sabino».

Im Mittelalter lag das Dorf im Herrschaftsbereich der Grafen von Lenzburg, ab 1173 in jenem der Grafen von Kyburg. Nachdem diese ausgestorben waren, wurden die Habsburger im Jahr 1264 die neuen Landesherren und Inhaber der hohen Gerichtsbarkeit. Zu jener Zeit befand sich auf dem Sodhubel die kleine Burg Scherenberg, von der nur die Fundamente erhalten geblieben sind. 1361 übernahmen die Herren von Ifenthal die Vogtei Safenwil mitsamt der niederen Gerichtsbarkeit von den Freien von Belp. 1415 eroberten die Eidgenossen den Aargau; Safenwil gehörte nun zum Untertanengebiet der Stadt Bern, dem so genannten Berner Aargau. Die Stadt Solothurn erwarb 1458 die niedere Gerichtsbarkeit über das Gebiet um Gösgen, darunter auch über Safenwil. Bern fühlte sich veranlasst, sämtliche Rechte auf seinem Territorium in einer Hand zu vereinigen, was 1460 dann auch geschah. In der Folge bildete Safenwil einen Gerichtsbezirk innerhalb des Amtes Lenzburg. 1528 führten die Berner die Reformation ein. Im März 1798 eroberten die Franzosen die Schweiz, entmachteten die «Gnädigen Herren» von Bern und riefen die Helvetische Republik aus. Seither gehört Safenwil zum Kanton Aargau. Im Jahre 1866 erhielt Safenwil eine eigene reformierte Kirche.

Handel, Industrie und Gewerbe verdrängten schon früh die Landwirtschaft, bedingt durch den Ausbau der Strasse Zürich–Bern in den 1770er Jahren und der Eröffnung der Bahnstrecke Zofingen–Wettingen der Nationalbahn am 6. September 1877. Seit 1900 ist die Bevölkerungszahl um fast das Zweieinhalbfache angestiegen. Die Eröffnung der Autobahn im Jahr 1967 führte zu einem rasanten wirtschaftlichen Aufschwung.